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OBJETIVOS: Avaliar a associação entre colonização por Candida spp. e candidíase sistêmica em recém-nascido com extremo baixo peso (RNEBP). Analisar a associação de fluconazol profilático na prevenção de infecção invasiva por Candida ssp. nos RNEBP colonizados. MÉTODOS: Estudo de coorte prospectivo com os RNEBP (peso de nascimento inferior a 1.000 g), na UTI Neonatal de um Hospital Universitário no Brasil, entre abril de 2012 e abril de 2014. Foram coletados swabs (orofaríngeo e retal) e secreção traqueal (em entubados) para cultura de espécies de Candida no 3°, 10°, 17°, 24° e 30° dias de vida. RNEBP com cultura positiva para Candida spp. receberam profilaxia com fluconazol. Foi considerada infecção invasiva naqueles que apresentaram sepse com hemocultura positiva, pneumonia com secreção traqueal positiva e raios x de tórax alterado e infecção do trato urinário com urocultura positiva. RESULTADOS: Avaliadas 56 crianças, peso mediano de 816 gramas (435 - 980), idade gestacional mediana de 27 semanas (23,1 - 34,1); 23 crianças (41,1%) estavam colonizadas por Candida spp. Entre 10 crianças com infecção invasiva, sete (70%) estavam colonizadas por Candida spp. Em cinco (21,7%) foi realizada profilaxia com fluconazol e, destas, uma (20%) desenvolveu candidemia (p = 0,6411). A letalidade foi de 33,9% e houve um óbito entre os RNEBP com candidíase invasiva (p = 0,0761). CONCLUSÃO: A maioria das crianças com infecção invasiva era previamente colonizada. O fluconazol profilático previne a candidíase sistêmica em RNEBP colonizados.